Desde 1996 la comunidad educativa del Instituido Femenino de enseñanza media y profesional de Quibdó pensó en la necesidad de fortalecer el Proyecto Etnoeducativo Institucional como una oportunidad para resignificar la riqueza de la cultura chocoana.
A partir de 1997 el proyecto se hace realidad no solo a través de la realización de eventos donde se iban adquiriendo diferentes muestras y elementos propios de la cultura, sino además donde se hacían esfuerzos permanentes por gestionar recursos para adquirir la muestra histórica de la cultura negra compuesta por 44 paneles fotográficos de 50x70 cuyos originales son propiedad del Museo de la Universidad de Antioquia y para llegar a la construcción de una sede propia para el museo.
En junio de 1998 fue adquirida dicha muestra con aportes de un proyecto presentado al fondo mixto para la promoción de la cultura y las artes del Chocó; posteriormente el 21 de septiembre de 1998 gracias al trabajo decidido de los docentes del área de Ciencias Sociales, de las directivas del Plantel y de la colaboración permanente de todas las áreas, fue posible la inauguración no solo de la muestra fotográfica, sino además de una nutrida gama de elementos que constituyen hoy en todo organizado la riqueza del Museo Natural e Histórico.
El tener dotación del Museo motiva a toda la comunidad educativa a gestionar los recursos del FIS para la construcción de la sede. En 1999 se inauguró la sede con la presencia de distintas personalidades del departamento.
Dada la importancia que fue adquiriendo este centro de investigación y cultura, se vio la necesidad de ampliar la sede con un nuevo piso. Durante todo el año 2001 puede decirse que la participación se convirtió en una alternativa de desarrollo integral: todos al unísono: docentes, alumnas, padres de familia, institución; hicieron posible la ampliación del museo con una segunda planta.
En el año 2002 el museo natural e histórico del IEFEMP, es reconocido como uno de los museos nacionales. Este hecho ameritó nuevas adecuaciones y adquisiciones; hoy se cuenta anexa al museo, una muestra de la típica vivienda chocoana dotada con todo lo que la debe caracterizar tanto a nivel histórico como de costumbres familiares.
El museo es para la comunidad educativa del IEFEMP una cátedra que predica como un proyecto puede llegar a ser realidad cuando a través de la interdisciplinariedad se evidencia una construcción colectiva no solo de muros y de espacio, sino además de conocimiento, de investigación, de identidad.
